Da Quarks nie alleine beobachtet werden können, werden ihre Massen immer indirekt bestimmt. Die angegebenen Massen der c- und b-Quarks wurden aus den Massen von Bottonium (bb) und Charmonium (cc) abgeschätzt. Die Abschätzung der Massen des u- und d-Quarks gelten als strittig und werden intensiv weiter untersucht. Die Masse des top-Quarks wurde aus Ergebnissen von top-Quark-Ereignissen errechnet. Zur Schwierigkeit der Bestimmung und Angabe von Quarkmassen schreibt David Griffith in : "In etwa derselben Weise ist die effektive Trägheit eines Teelöffels größer, wenn man damit Honig rührt, als wenn man damit Tee rührt, und in beiden Fällen übersteigt sie die wahre Masse des Löffels".
Die effektive Masse, die man bei einem in ein Hadron gebundenen leichten Quark (u, d, s) misst, ist um ein Vielfaches höher, als die Masse eines freien Quarks.