Les champs magnétiques sont utilisés pour maintenir les particules dans l'accélérateur.

Une particule chargée se déplaçant dans un champ magnétique ressent une force qui modifie la direction de son mouvement. Dans le cas des accélérateurs circulaires, des électro-aimants sont utilisés pour créer un champ magnétique qui force les particules à se déplacer sur une orbite circulaire.