Η καθοδήγηση των σωματιδίων μέσα στον επιταχυντή επιτυγχάνεται με μαγνητικά πεδία
Ένα φορτισμένο σωματίδιο κινούμενο σε μαγνητικό πεδίο θα δεχτεί μια δύναμη που θα το κάνει να αποκλίνει από την αρχική κατεύθυνση της κίνησής του. Σε έναν κυκλικό επιταχυντή, ηλεκτρομαγνήτες χρησιμοποιούνται για να δημιουργήσουν μαγνητικά πεδία που θα αναγκάσουν τα σωματίδια να κινηθούν σε κυκλική τροχιά.