Μερικές φορές  είναι δύσκολο να ταυτοποιήσουμε το είδος των σωματιδίων που έλαβαν μέρος στην σύγκρουση. Το πιο κοινό πρόβλημα είναι σωματίδια που εξαφανίζονται στο σωλήνα της δέσμης ή σε μια περιοχή του ανιχνευτή που δεν καλύπτεται από κάποιο ανιχνευτικό σύστημα. Αν τα σωματίδια που εξαφανίζονται έχουν πολύ ενέργεια θα μπορούσαν να  θεωρηθούν σαν να ήταν νετρίνα.

Τα εξαφανιζόμενα σωματίδια κάνουν επίσης την εικόνα της σύγκρουσης να φαίνεται διαφορετική από αυτή που θα έπρεπε να είναι. Για παράδειγμα, ένας πίδακας σωματιδίων που προέρχεται από ένα κουάρκ κατά την κατεύθυνση του σωλήνα της δέσμης μπορεί να φαίνεται σαν μικρο-πίδακας από ένα λεπτόνιο τυ αν μερικά από τα σωματίδια εξαφανιστούν στον σωλήνα της δέσμης.

Τα λεπτόνια τυ είναι εξαιρετικά δύσκολο να τα ταυτοποιήσουμε μιας και βλέπουμε μόνο τα σωματίδια στα οποία διασπώνται. Η "υπογραφή" με τα 1 ή 3 φορτισμένα σωματίδια θα μπορούσε πολύ εύκολα να καταστραφεί αν ένα από τα φορτισμένα σωματίδια διαφεύγει την ανίχνευση (δες παραπάνω πώς). Συχνά το σωματίδιο ταυ διασπάται σε δύο νετρίνα και ένα ηλεκτρόνιο ή ένα μιόνιο και είναι δύσκολο να γνωρίζουμε αν το ηλεκτρόνιο/μιόνιο προέρχεται από το ταυ λεπτόνιο ή έχει παραχθεί από την αρχική σύγκρουση.

Οι συγκρούσεις έχουν αναλυθεί με ένα πρόγραμμα υπολογιστή που βάζει χρώματα στις τροχιές των σωματιδίων ανάλογα με τον πίδακα στον οποίο ανήκουν. Ο αριθμός των πιδάκων υπολογίζεται μετρώντας τον αριθμό των χρωμάτων των τροχιών. Μερικές φορές όμως το πρόγραμμα κάνει λάθη και ενώνει δύο πίδακες σε ένα ή χωρίζει ένα πίδακα σε δύο.

Είναι εύκολο να κάνουμε λάθος στην ανάλυση μιας σύγκρουσης. Αυτό όμως δεν  αποτελεί πρόβλημα γιατί συνήθως αναλύομε πολλές συγκρούσεις ώστε να  συγκεντρώσουμε μεγάλη στατιστική. Έτσι τα λάθη που μπορεί να κάνουμε σε κάποιες συγκρούσεις θα εξαφανισθούν στις ιδιότητες ενός μεγάλου αριθμού αναλυμένων συγκρούσεων. Οι ασκήσεις με το WIRED πρέπει να συμπληρωθούν αναλύοντας εκατοντάδες συγκρούσεων.