Ibland kan det vara svårt att identifiera vilka sorters partiklar som har varit inblandade i en partikelkollision. Det vanligaste problemet är att partiklar som borde ha upptäckts har försvunnit i strålröret eller ett hål i detektorn. Om partiklarna som försvann var energirika kommer det felaktigt se ut som om det fanns en neutriner i kollisionen.

Partiklar som försvinner kan också göra att bilden av kollisionen ser helt annorlunda ut jämfört med hur den borde se ut. En kvarkkvast som går i samma riktning som strålröret kan t.ex. istället se ut som en minikvast från en taupartikel om en del av partiklarna i kvasten försvinner i strålröret.

Taupartiklar är notoriskt svåra att identifiera eftersom vi endast kan se partiklarna de sönderfaller till. Signaturen med 1 eller 3 laddade sönderfallspartiklar kan lätt förstöras genom att en av de laddade partiklarna inte upptäcks (se ovan). Dessutom är det relativt vanligt att en taupartikel sönderfaller till två neutriner plus antingen en elektron eller en myon. Då kan det vara svårt att veta om elektronen/myonen kommer från en taupartikel eller om den bildades direkt i kollisionen.

Kollisionerna har analyserats av ett datorprogram som färgar partikelspåren beroende på vilken kvast de tillhör. Antalet kvastar i en kollision kan således uppskattas genom att räkna antalet färger på partikelspåren. Ibland gissar dock programmet fel och slår felaktigt ihop två kvastar till en, eller delar upp en kvast till två.

Att identifiera en enskild kollision kan således vara lite vanskligt ibland. Detta är dock inget större problem eftersom man alltid borde analysera många kollisioner för att få mycket statistik. Då kommer felen man gör med enskilda kollisioner att försvinna i egenskaperna hos mängden av kollisioner som man analyserar. Därför går uppgifterna/laborationerna med WIRED ut på att analysera hundratals kollisionsbilder.